폭스콘 P35AP-S의 바이오스는 Phoenix사의 바이오스 사용하였으며, 다른 바이오스 화면과 별다른 차이점이 없어 보인다. 하지만 메뉴를 자세히 들여다 보면 화면 우측에 오버 클럭을 위해 'Gladiator BIOS' 메뉴가 제공되는 것을 확인할 수 있을 것이다. 바로 이 메뉴를 통해 시스템의 성능을 높일 수가 있다.

'Gladiator BIOS' 메뉴를 선택하면 다른 제품의 오버 클럭킹을 위한 메인보드와 마찬가지로 CPU전압과 FSB클럭, 램타이밍 및 PCI 클럭 등을 조절할 수 있는 메뉴들이 제공된다. 한가지 다른 점이 있다면 간편하게 시스템 성능을 높일 수 있도록 'Instant Over Clocking' 메뉴가 존재한다는 것이다. 이 기능을 통해 5%에서 부터 75%까지 시스템 성능을 올릴 수 있도록 되어 있다.

폭스콘 P35AP-S는 바이오스에서 제공되는 'Instant Over Clocking' 메뉴 외에 FOXONE 칩셋과 프로그램을 통해 오버 클럭킹 및 시스템 상태를 한눈에 확인할 수 있다. 때문에 굳이 바이오스에 들어가지 않고도 오버 클럭킹을 할 수는 있지만 바이오스 상에서 처럼 상세한 설정은 할 수 없다.

FOXONE 소프트웨어 이외에 'Fox LiveUpdate' 소프트웨어를 제공한다. 이 프로그램을 통해 새로 업데이트된 바이오스나 드라이버 유틸리티 등을 손쉽게 설치할 수 있다.